| 1 | Alar Lodi | 01:07.88 | B | 1 | | EST |
| 2 | Arvo Alehodžin | 01:16.28 | C | 1 | Tallinna Taliujumiskeskus | EST |
| 3 | Karel Viigipuu | 01:17.12 | C | 2 | Tartu Ujumisklubi | EST |
| 4 | Aleksei Terštšenkov | 01:17.43 | G | 1 | U-Club | EST |
| 5 | Tarmo Terve | 01:21.51 | C | 3 | Meisterujumise U-klubi | EST |
| 6 | Jürgen Bachmann | 01:25.92 | B | 2 | Klubi Humala | EST |
| 7 | Lembit Laht | 01:27.50 | J | 1 | U-Klubi | EST |
| 8 | Pavel Ümarik | 01:29.58 | F | 2 | Tartu Taliujumine | EST |
| 9 | Kristjan Poltimäe | 01:30.85 | C | 4 | Pirita | EST |
| 10 | Karl Randmaa | 01:34.08 | B | 3 | Eesti Energia Spordiklubi | EST |
| 11 | Tarvo Toom | 01:34.39 | C | 5 | | EST |
| 12 | Anton Bazõlev | 01:40.99 | C | 6 | Adduco kolimisteenused | EST |
| 13 | Erkki Kasenurm | 01:43.73 | C | 7 | Adduco Winterswim Club | EST |
| 14 | Aivar Tugedam | 01:54.43 | C | 8 | Talisuplejad Kalarannast | EST |
| 15 | Indrek Põldvee | 02:02.99 | C | 9 | | EST |
| 16 | Mart Nöps | 02:05.71 | E | 1 | SPORDIKLUBI AK RAHINGE | EST |
| 17 | Hendrik Tiido | 02:22.64 | B | 4 | Pirita taliujumiskeskus | EST |
| N/A | Antti Adur | DNS | C | | Talisuplejad Kalarannast | EST |
| N/A | Aleksandrs Jakovlevs | DNS | F | | Jelgavas Roni Winter Swimming Club | LAT |
